南宋末年，蒙古铁骑兵出萧关，经六盘集结临洮，其后兵分两路，远征大理。大理孝义帝段兴智尚当幼龄，被四大家臣救出，辗转隐居于西域昆仑。
欧阳九祖上本为南宋五绝之一西毒欧阳锋的管家，因其精明强干，甚得欧阳锋欢心，并且学到了三成蛤蟆功的功夫，然而欧阳锋死后，由于白驼山被明教占据并改名光明顶，欧阳九的祖上一时流离失所，无以为生，只得开始做些没本钱的买卖，以至沦落于黑道。
一次，欧阳九夜入武林大豪之家，竟被击成重伤，奄然待毙，弃之野外，恰逢段子羽的父亲经过，心生不忍，遂以家传一阳指为其疗伤治愈。欧阳九感恩图报，便投身段家为仆。
段子羽之父因为欧阳九疗伤，以至元气大伤，需五年方得复元，岂料四年头上，段家仇敌来犯，段子羽父母双双罹难。
欧阳九深知慷慨殉主容易，救孤抚孤艰难，于是带着段家传世玉玺，抱着尚在襁褓之中的段子羽突围而出，东躲西藏，苟且度日，以延续段氏一脉香火，其中甘苦更是难以尽言。
欧阳九认为段子羽乃帝王之后，若无金银之物傍身，未免寒酸，于是重操旧业，四处偷盗，以供花销。
段子羽十二岁这年，欧阳九想到段子羽家传武学已绝，自己的功夫又浅薄不堪，不足以令段子羽扬名立万，尽歼寇仇，于是甘冒奇险，持段家传世玉玺来到终南山活死人墓，以求杨过后人黄衫女杨瑶琴的父母，能将九阴真经传授。
然而，杨家早有祖训，九阴真经不许流入江湖，杨瑶琴的父母深感为难，本欲将段氏香火段子羽迎入活死人墓，然而欧阳九坚执不肯，执意要让段子羽成名江湖，重振段氏昔日雄风。
杨瑶琴父母无奈之下，但又不能违背祖训，于是故示古墓松疏，让欧阳九将九阴真经盗去。
九阴真经本是顶级武学秘笈，此一种功夫便可令段子羽扬名江湖，加之欧阳九将自己尚未窥出门道的蛤蟆功倾囊相授，段子羽的武功更是陡然大进。
段子羽刚及弱冠，便迫不及待地踏入江湖，意欲重整大理段氏昔日荣光。
统管天下武林，领三山符策，贵为帝师的天师教教主张正常，本就是武学不世奇才，更是凭一套天雷剑法，名动江湖，已然成为了超级强者，当世高人。
张正常膝下一女张宇真，天姿颖异，艳绝天下。由于张宇真乃是张正常晚年所得，以至爱逾性命，从小便如明珠般托在掌中，百般宠爱，家中凡事也是依着她的性子所来，由此养成了张宇真古怪精灵的个性。
张宇真年方十八时，总觉家中烦闷，于是从家中偷跑出来，跑到西域游玩。张宇真见明教光明顶守卫森严，心生好奇，遂潜入进去，竟将明教圣物圣火令盗了出来。
等到明教发觉之后，青翼蝠王韦一笑便带着一干教中高手马不停蹄，分路猛追，在星宿海的一座壁粉斑驳，破烂不堪的古庙终于将其追上。
就在张宇真左支右绌，败象己呈之时，途径此地的段子羽不明所以，以为明教在欺负弱小女子，遂出手相援。
九阴真经重现江湖，令韦一笑一时间神情大变，心中震骇。段子羽与韦一笑对攻二十余招不露败象，已令旁观诸人匪夷所思。
然而段子羽终因临场经验欠缺，五十招后，如此—良材美质就要命丧韦一笑掌下，旁观诸人都不禁扼腕叹息之时，与明教敌忾同仇，已济身绝顶高年之列的峨眉派掌门百劫师太突然现身喝止。
百劫师太得知段子羽乃段氏后人，一见如故，倾力相救，更是不顾强敌当前，打通了段子羽的任督二脉。段子羽死里逃生，总觉此乃梦幻一场，受此天大恩惠，扑通跪倒，欲要拜百劫师太为师。
百劫师太俗名郭诗韵，乃桃花岛武学传人。当初襄阳城破，郭靖黄蓉夫妇以身殉国，其子郭破虏幸而突出重围，返居东海桃花岛，而延续桃花岛武学一脉，递相而传至郭诗韵。
郭诗韵自小冰雪聪明，与当年黄蓉性子颇为相似，父母疼爱之至，视之如掌上明珠，郭黄两家武学技艺自是倾囊而授。
郭诗韵十七八时，耐不住岛上寂寞，时而江湖行走，却也格守祖训，绝不外露自己身份。
一日，郭诗韵因天师教祈雨解旱结识了英俊潇洒的天师教少教主张宇初。郭诗韵见其礼数周到，言语雅逊，以至暗生情愫。
而张宇初见郭诗韵便钟情之至，便要父亲张正常到桃花岛上求亲。然郭诗韵父母隐居桃花岛已久，素不与外人交接，更不愿攀结权贵，遂替女儿做主，婉言辞去了此桩婚事。
张正常贵为帝师，不想自己此种名头竟会碰了钉子，一怒之下离开了桃花岛。又过一年，郭诗韵行走江湖，不慎受伤，机缘巧合之下居然被张宇初所救，并将其治愈。二人不由得情苗茁长，互道心中之情，并定下了三生之盟，只待向各自父母禀明。
不想郭诗韵外出期间，郭诗韵父母身罹怪疾，已然双双病殁。郭诗韵痛哭几月后，打点行装，去天师府寻张宇初。
哪知郭诗韵到了天师府，张宇初已在父亲的逼迫之下，与一大儒的女儿成亲多日。郭诗韵双祸临头，浑无生趣，不由得百念俱灰，于是投到峨嵋门下，落发为尼。因郭诗韵在俗之时武功已然不凡，悟性更高，峨眉派便推她为掌门，法号“百劫”
如今，段子羽欲要加入峨眉，百劫师太深知峨嵋派有不收男弟子的祖规，更怕江湖中人造出谣言，于是婉言相拒，但见段子羽神色大失所望，百劫师太心中不忍，于是将桃花岛传世武学弹指神通与兰花拂穴手倾囊相授。
韦一笑见段子羽有百劫师太助阵，加之张宇真虚言，圣火令已被范遥和殷野王半途截下，私藏起来，也就不再追究。
哪知韦一笑与百劫师太相继离开，范遥和殷野王竟随后赶到。范遥和殷野王自是不信张宇真妄言，遂与之大打出手。段子羽自然不会袖手旁观，全力而发，以助张宇真一臂之力。
二人终究年少，不敌之时，幸得张正常及时赶到，从殷野王拳下救出二人。范遥和殷野王自知斗不过天师教，徒逞一时血气之勇，非但于事无补，而且会丧命于此，更况且二人早就怀疑韦一笑有觊觎明教教主大位之心，私藏了圣火令，于是冠冕堂皇的以此过节日会再算为名，悄然离去。
张正常武功高绝，也极其自负，生平更是少有人与之交手，现见女儿伤势不重，欢喜逾恒，更不愿轻启杀戒，连累了自己的修行，是以任由范遥和殷野离去。
张正常知道张宇真自幼被其娇宠过度，不服众人管教，今见女儿在段子羽面前服服帖帖，加之因昔日逼婚张宇初，以至一对璧人劳燕分飞，心存悔意，于是向段子羽提出附婚之意，将张宇真许配于他。
段子羽喜极而泣，唯恐辱没了张宇真，于是将大理传国玉玺拿出，作为聘礼，献给张正常。次日，张正常大集家人，为段子羽和张宇真行文定之礼。
张正常情知按照段子羽此时的年岁，武功已殊属难能可贵，亦乏对手，于是将毫不逊色于九阴真经的独孤九剑剑谱送给段子羽，让其参详悟性。
原来当年，独孤求败自负剑术天下无敌，素闻张正常祖上的天雷剑法举世无双，于是欲与张正常先祖一战。可是当时的张正常的先祖正在潜心丹道，不肯争此俗名，于是避而不战。
独孤求败好胜心切，于是将独孤九剑剑法录下，送至天师府，逼使张正常先祖认负。张正常的先祖留下剑谱，隐入深山，专意练丹，独孤求败遍觅不着，只得怏怏而返，埋剑归隐，退出江湖。
段子羽已有婚约，自是要与未婚妻前去祭拜段氏祖墓。就在段子羽携张宇真于昆仑山脚父母之墓上洒扫拜祭之时，忽闻周围步履杂沓，转瞬，几十位僧人，环伺而立。
原来大理国灭国之时，对大理段氏数代忠耿如一的四大家臣及护国之寺的天龙寺僧人毁家纾难，护幼主逃出，流落至西域。
段氏虽然亡国，孝义帝段兴智虽然身亡，四大家臣及天龙寺僧人仍对段家执君臣之礼，竭尽股肱之力。四大家臣更是不惜远赴西域，创建朱武连环庄，以期守护段家亡灵。
而天龙寺僧众则在墓旁结庐而居，一边为段家日日守墓，一边等待段氏后人，欲将大理段家绝学一阳指和六脉神剑传与后人。
待到段子羽出示大理传国玉玺，一众僧人叩首哽泣，老泪横流，呜咽出声，终于了却了一番心愿。
此时的段子羽已集九阴真经、独孤九剑、一阳指、六脉神剑等六七种旷世武学为一身，内力雄厚，剑法精妙、招式繁多，世间已是少有，所稍逊者惟在临敌经验，功力火侯上罢了，即便所差亦是微乎其微，只是旁人见他年轻，不意其艺业已精至如此。
段子羽得知朱武连环庄乃四大家臣后人所建，想到自段氏龙兴大理以后，四大家臣便鞍前马后，效犬马之劳，遂决定携张宇真双双前往朱武连环庄，以谢多年来守护段家亡灵之恩。
岂料号称"雪岭双姝"之一的武青婴与其丈夫朱武连环庄庄主卫壁，早已被汝阳王世子王保保所收买，投靠其以供驱策。
当初，王保保眼见蒙元大势已去，回天无力，却又不甘被逐回大漠，便留居中原，存下卧薪尝胆之心，于是开始招兵买马，纠结天下豪杰，以图东山再起。
武青婴夫妇眼见段子羽持有大理传国玉玺，心中大喜，如若夺得玉玺，以段氏之名，登高一呼，与北方的王保保遥相呼应，师出有名，南北夹击，共举义旗，霸业岂非指日可待。
昆仑山景物壮丽，云生雾涌，令人目眩神迷。当武青婴夫妇陪段子羽二人阅视庄中之时，待到一万丈深渊之处，段子羽正全神望着谷底，岂料武青婴左手一推，右手从他怀中摸去。段子羽登觉不妙，左手拨开，右手一把抱住张宇真。
段子羽早己内功精进，即使猝遭大变，心神也是不乱，早已觑准一棵崖壁突出的一颗大树，伸足一踏，借此弹力，跃到一平台之处。
这平台居然有一洞穴，直透彼端之处别有洞天，竟是一方圆数里的荒谷，放眼眺望，四周高山环绕，壁立千仞，谷中芳草柔软，清幽花香，实乃人间仙境。
二人以鲜果为食，山泉止渴，反觉这谷中时光较外面的血腥世界不知强盛多少，更觉这谷中天地实不输神仙福地，“只羡鸳鸯不羡仙”的真谛也不过如此。
这日，两人偶然从厚厚苔藓下的光滑石壁上看到“张无忌埋经处”六个石刻大字，不禁大出意外。
段子羽挖开石壁，从三尺多深的洞穴中取出了油布所包的九阳真经，并依着书上蝇头小楷开始研习。
九阴九阳两大神功本是世上武学之两大极端，一个至阴至柔，一个至刚至阳，犹若冰与火一般，单练一项神功，便可立跻一流高手之列。
段子羽因练九阴真经，内力已经甚强，本就无需再练别的内功，不想误练九阴神经的对头九阳真经，实乃是踏上了一条死亡之路。
段子羽体内新修的九阳神功，与原有的九阴真经交相抵撞，相斗之下，纠缠固结于五脏六腑，七经八脉之中，九阴驱不尽九阳，九阳也化不了九阳，以至胶结在一起形成了成不治之痼疾。
段子羽自负武学见识丰赡，但如今贪功冒进，一时疏虞，想不到坠入深谷侥幸未死，却死在人人渴求而得不到的九阳真经之下，不禁长叹连连。
段子羽茫然枯坐，将九阴九阳又从头至尾理了几遍，凝运心神，净扫灵台，忽然灵光一现，化解九阴九阳实际也非难事，便是夫妇双修此功。
张宇真初听此法，也是面红过耳，然而自己与段子羽已然有婚约在身，迟早将会为他人妇，也就低头应允。
两人四手交握，陡然间感到对方的内力如江河湖海般在体内冲激盘旋，汹涌绝伦，隐隐间可听到身体中内力奔腾的声音，犹如干军万马骤然启动，横冲直撞，不可行勒。
其实双修也是“情功”，取意“情发乎中”而已。情动则心动，心动则气动，心意所向，气则赴之，双修双练，水火交融而自成世界。
良久，段子羽与张宇真二人体内真气归元，均感身心舒泰，内力不仅更进一层，感激之情也充塞胸臆。两人仔细思付，均感匪夷所思，不禁想起“身无彩翼双飞燕，心有灵犀一点通”的诗句，原竟是武学练功的最高境界。
段子羽本就是不世武学奇才，今将九阴、九阳两大神功融为一体，内力雄浑刚猛已是前无古人，后无来者，凭此已然足可以傲视当代，脾瞪群雄。