一方面，军政法委从总政中独立出来，组建为实体的副战区级单位，成为了15个职能部门之一。
另一方面，军事法院、军事检察院的设置方式、单位数量、管理模式、编制规格也都发生了巨大的变化。
首先，简要介绍一下军事法院、检察院的发展历史。
建国初期，我国组建了各级军事法院、军事检察院，但之后陆续撤销。
直到1978年，军事法检两院开始重建，先组建了解放军军事法院、军事检察院和各大单位军事法院、军事检察院。
1979年，再组建了兵团级单位和军级单位的军事法院、军事检察院，形成了“解放军、大军区级、兵团级、军级”4级司法体系。
1982年，军事法院、军事检察院改为3级，将兵团级和军级的军事法院、军事检察院合并为一个层级。
1996年，已升格为了正大军区级的武警部队也组建了相应的军事法院、军事检察院。
1997年，设立了总直属队第二军事法院、第二军事检察院。
2014年，二炮部队也组建了相应的军事法院、军事检察院。
综上，此轮军改前，军事法院、军事检察院分为3个层级，以军事法院为例，分别是：
1、解放军军事法院，为正军级单位。
2、大军区级军事法院，共13所，包括“总直属队军事法院、总直属队第二军事法院、七大军区军事法院、海军军事法院、空军军事法院、二炮军事法院、武警军事法院”，为正师级单位。
3、基层军事法院，数量众多，包括“大单位直属、海军舰队、军区空军、省军区、驻港部队”军事法院，以及“武警、二炮”的基层军事法院。
例如，有“济南军区直属军事法院、海军南海舰队军事法院、兰州军区空军军事法院、南京军区浙江军事法院、成都军区云南军事法院、驻港部队军事法院、武警成都军事法院”等等，为正团级单位。
然后，介绍一下现在的军事法院、军事检察院。
2016年6月，军事法院、军事检察院进行了大幅调整，不再按照单位进行设置，改成按照区域进行设置。
以军事法院为例，虽然保持3个层级不变，但数量大幅缩减：
1、高级军事法院即“解放军军事法院”，仍是正军级单位，院长为正军职少将、一级大法官，副院长为副军职少将、二级大法官。
2、中级军事法院裁并至7个，冠以“战区”的前缀，分别是“总直属军事法院、东部战区军事法院、南部战区军事法院、西部战区第一军事法院、西部战区第二军事法院、北部战区军事法院、中部战区军事法院”，仍是正师级单位，院长为正师职大校。
3、基层军事法院裁并至26个，不再冠以“省份”的前缀，改成冠以“城市”的前缀，如“兰州军事法院、济南军事法院”等等，已升格为副师级单位，院长为副师职大校。
具体的对应关系如下：
1、总直属军事法院，对应“直属军事法院”1个基层军事法院。
2、东部战区军事法院，对应“上海、南京、杭州、合肥、福州”军事法院。
3、南部战区军事法院，对应“长沙、广州、南宁、海口、昆明、驻港部队”军事法院。
注：驻港部队军事法院、军事检察院比较特殊，并未升格，仍是正团级单位。
4、西部战区第一军事法院，对应“成都、拉萨”军事法院。
5、西部战区第二军事法院，对应“兰州、西宁、乌鲁木齐”军事法院。
6、北部战区军事法院，对应“呼和浩特、沈阳、哈尔滨、济南”军事法院。
7、中部战区军事法院，对应“北京、石家庄、郑州、武汉、西安”军事法院。
此外，军事法院、军事检察院的管理模式也发生了巨大的变化。
原先，军事法院、军事检察院接受双重领导，以海军军事检察院为例，其隶属于“海军政治部”，接受“海军”和“解放军军事检察院”的双重领导，并以“海军”领导为主。
现在，军事法院、军事检察院不再按照行政隶属关系设置，改由军政法委垂直领导管理，能够依法开展工作、减少干扰。
并且，解放军军事法院院长、解放军军事检察院检察长都会担任军政法委委员。