第一、职务和职级的区别
副巡视员是2019年6月前公务员非领导职务的一种，虽然与领导职务有区别，但同属职务序列。非领导职务是在厅局级以下设置，共有六种，级别由低高到高分别为：副主任科员，主任科员，副调研员，调研员，副巡视员和巡视员。而二级巡视员是2019年6月后公务员新设立的一种职级，与职务不是同一序列。公务员的职级也是在厅局级以下设置，共有六等十二种，级别由低到高分别为：一级、二级科员，一至四级主任科员，一至四级调研员，一级、二级巡视员。
第二、晋升方式的区别
副巡视员可以由县处级正职或调研员直接晋升。一般来说，晋升副巡视员职务，应当任县处级正职领导职务或者调研员满五年以上。而二级巡视员是不能直接由县处级正职领导职务或二级调研员（可由调研员套改）直接晋升的，只能由一级调研员晋升。晋升二级巡视员，应当任一级调研员满四年以上，而晋升一级调研员，应当任县处级正职或二级调研员满三年以上。这样，要晋升二级巡视员，不仅要多晋升一次，而且年限也要七年以上，比原来晋升副巡视员年限更长。
第三、政治待遇和工作待遇的区别
副巡视员是一种非领导职务，但可以享受与厅局级副职领导职务基本一样的政治待遇和工作待遇。例如，副巡视员可以享受厅局级副职一样面积的独立办公室，可以参阅一定级别的密级文件、参加全省副厅级干部会议、参与本厅大项事务决策等待遇，甚至可以分管几个相对不太重要的内设部门。但二级巡视员，只享受厅局级副职一样的政治待遇、工作待遇。比如办公室，只能享受与县处级正职一样的面积，其他政治待遇和工作待遇也只能与处级一样。
第四、管理权限的区别
副巡视员虽然是非领导职务，但也是职务，与厅局级副职一样，同样列入省委进行管理，由省委组织部负责日常管理，包括推荐、考察、任免、年度考核等。副巡视员是实实在在的“省管干部”。二级巡视员却完全不同。晋升二级巡视员，不改变原来的指挥关系，也不改变原来的管理权限。因此，二级巡视员的日常管理是由省厅或者市县来管理的，属于“厅管干部”或“市管干部”，不是“省管干部”。这个区别还是非常大的，副巡视员进入省委领导和省委组织部的视线，有更多晋升或者转任实职的机会。
第五、设置职数比例的区别
副巡视员的职数，一般是按照厅局级领导职务的一定比例来设置的。比如，一般市直单位的科级非领导职务的设置比例，是科级领导职务的一半。一般市直单位的处级非领导干部的职数，是处级领导职务的1/3。副巡视员的设置比例，则会更少，一般是少于厅局级领导职务的1/5。二级巡视员的设置比例，依据单位的不同而不同。中央机关二级巡视员的设置比例，最高可以达到机关所有公务员的12%；省级机关二级巡视员的设置比例最高可以达到机关所有公务员的5%；市级机关二级巡视员的设置比例最高可以达到机关所有公务员的1%。总体来说，二级巡视员的设置比例要比原来的副巡视员设置比例要高，这也意味着二级巡视员更加容易得到晋升。
六、补充说明
因为副巡视员这个非领导职务，在2019年6月之后就已经不再使用，原副巡视员需要套改为二级巡视员。前面也进行了分析，副巡视员和二级巡视员是有很多区别的。因此，原副巡视员套改为二级巡视员之后，原来享受的政治待遇和工作待遇仍然予以保留。另外，有些原来担任厅局级领导职务，但因换届等原因而改任二级巡视员职级的，其政治待遇和工资待遇也予以保留。这部分副巡视员和二级巡视员基本没有任何区别。副巡视员和二级巡视员的区别，主要体现在2019年6月之后，由一级调研员晋升的二级巡视员上。
综上所述，由副巡视员套改而来的二级巡视员，与原副巡视员基本什么区别。而由一级调研员晋升的二级巡视员与原副巡视员有很大区别，主要体现在序列、晋升方式、政治待遇和工作待遇、管理权限、设置比例等方面。