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专项资金重点支持重大水利项目、面上水利项目建设和水利管理等。
重大水利项目是指对流域、区域的防洪排涝和水资源保障有较大影响的防洪、灌溉、供水重大项目，主要包括按国家安排实施的洞庭湖治理、大中型水库水闸、大中型灌区、主要支流以上堤防加固等重大项目。
面上水利项目是指小型水利工程建设、加固改造等其他水利项目，主要包括小型水库、水闸、泵站及灌区建设和加固改造，中小河流治理、高效节水、农村河道整治、水土流失治理、农村饮水安全提升、水电生态治理以及山塘、河坝等其他小型农田水利等项目。
水利管理主要包括公益性大中型水利工程维护、小型水库及重要山塘、河道等小型水利工程的管护、农村饮水安全工程管护、水利科技推广、水文业务、基层水利服务体系建设，以及跨区域流域的水利规划、水资源管理与保护、水土保持监督管理以及列入省以上试点工作等管理任务。
专项资金不得用于下列支出：
（一）项目承担单位人员的工资、津补贴、奖金福利等。
（二）一般性公务用车购置及运行费用、会议费等支出。
（三）修建装饰楼堂馆所(不包括实验室等工作用房)
（四）其他与相关规定不相符的支出。
申报条件：
同一年度一个项目只能申报一次，同一项目原则上不重复安排专项资金支持。
（一）已纳入国家或省相关规划、计划项目。
（二）前期工作完备的项目。
（三）项目实施后，具有较好的工程、经济、生态等效益。
项目申报须提供以下相关材料：
（一）项目主要内容介绍、项目预算、资金来源及当年中央投资计划。
（二）面上小型农田水利项目，必须有县级及县级以上人民政府或水行政主管部门的专项请示文件。
（三）其他相关材料。
审查流程：
市州水行政主管部门会同财政行政主管部门对所辖县市区上报项目进行汇总和初审，报送省级水利、财政行政主管部门审查；省直管县市，按相关规定办理。初审时，要求市州水行政主管部门、财政部门对申报项目资料的真实性、合法性严格审核、负责把关。
审查主要内容包括：
（一）资格审查：申报项目是否符合专项资金支持范围。
（二）资料审查：报送材料是否齐全、完整、规范并符合要求，申报项目的内容是否符合要求。
对审查合格的项目，由省财政厅会同省水利厅根据年度资金预算规模，确定支持项目及资金，下达资金指标和项目计划。
省级预算安排的重大水利工程建设专项转移支付，应当在省人代会批准预算后的60日内下达；本级政府接到上级下达的重大水利工程建设专项转移支付资金，应当在30日内下达。
重大水利项目是指对流域、区域的防洪排涝和水资源保障有较大影响的防洪、灌溉、供水重大项目，主要包括按国家安排实施的洞庭湖治理、大中型水库水闸、大中型灌区、主要支流以上堤防加固等重大项目。
面上水利项目是指小型水利工程建设、加固改造等其他水利项目，主要包括小型水库、水闸、泵站及灌区建设和加固改造，中小河流治理、高效节水、农村河道整治、水土流失治理、农村饮水安全提升、水电生态治理以及山塘、河坝等其他小型农田水利等项目。
水利管理主要包括公益性大中型水利工程维护、小型水库及重要山塘、河道等小型水利工程的管护、农村饮水安全工程管护、水利科技推广、水文业务、基层水利服务体系建设，以及跨区域流域的水利规划、水资源管理与保护、水土保持监督管理以及列入省以上试点工作等管理任务。
专项资金不得用于下列支出：
（一）项目承担单位人员的工资、津补贴、奖金福利等。
（二）一般性公务用车购置及运行费用、会议费等支出。
（三）修建装饰楼堂馆所(不包括实验室等工作用房)
（四）其他与相关规定不相符的支出。
申报条件：
同一年度一个项目只能申报一次，同一项目原则上不重复安排专项资金支持。
（一）已纳入国家或省相关规划、计划项目。
（二）前期工作完备的项目。
（三）项目实施后，具有较好的工程、经济、生态等效益。
项目申报须提供以下相关材料：
（一）项目主要内容介绍、项目预算、资金来源及当年中央投资计划。
（二）面上小型农田水利项目，必须有县级及县级以上人民政府或水行政主管部门的专项请示文件。
（三）其他相关材料。
审查流程：
市州水行政主管部门会同财政行政主管部门对所辖县市区上报项目进行汇总和初审，报送省级水利、财政行政主管部门审查；省直管县市，按相关规定办理。初审时，要求市州水行政主管部门、财政部门对申报项目资料的真实性、合法性严格审核、负责把关。
审查主要内容包括：
（一）资格审查：申报项目是否符合专项资金支持范围。
（二）资料审查：报送材料是否齐全、完整、规范并符合要求，申报项目的内容是否符合要求。
对审查合格的项目，由省财政厅会同省水利厅根据年度资金预算规模，确定支持项目及资金，下达资金指标和项目计划。
省级预算安排的重大水利工程建设专项转移支付，应当在省人代会批准预算后的60日内下达；本级政府接到上级下达的重大水利工程建设专项转移支付资金，应当在30日内下达。