其实逊尼派和什叶派都是伊斯兰教，在一开始的时候是一家不分彼此，主要是对先知穆罕默德的继承人选上分歧很大不可调和，如同中国历史上的北魏分裂为东魏和西魏一样，互相斥对方为伪朝，认为自己才是正统。
那么，具体是怎么一回事呢？首先，我们有必要先介绍下伊斯兰教的起源。
伊斯兰教的起源
伊斯兰教是公元7世纪初，由阿拉伯半岛麦加人穆罕默德所创立的一个“神教”。当时，阿拉伯半岛社会正处于解体过程中，要求产生统一的国家。由于穆罕默德曾随商队到过巴勒斯坦、叙利亚等地经商，对基督教、犹太教等有过接触和了解。所以，在当时的社会条件下，他结合过去宗教的一些教义而形成伊斯兰教。
伊斯兰教信仰真主“安拉”，而穆罕默德则是安拉的使者和先知，是到人间来传达安拉的旨意以教育人类的，其基本教义为五大信仰，信安拉、信天使、信经典、信使者、信末日。教徒的宗教职责为“五功”，即念、拜、课、斋、朝功。
缘何分裂成逊尼派和什叶派。
这两个教派的分裂源于7世纪初期，穆罕默德去世前，曾经两次称呼女婿阿里为“mawla”，mawla在阿拉伯语中有多种意思，有领导者、朋友、主、帮助者等等，于是在穆罕默德逝世后，阿里的支持者觉得应该由阿里来继承穆罕默德之位，由此爆发了激烈的争论，但此时还没有彻底撕破脸皮，阿里最终也没有顺利继任。
之后伊斯兰教就进入了四大“哈里发”时期，哈里发为阿拉伯文音译，意为真主使者的继承人或者代理人。这四位哈里发分别是伯克尔、欧麦尔、奥斯曼和阿里（阿里在第四次才当上），他们无一例外都是穆罕默德的圣门弟子，是被伊斯兰信众广泛接纳的，所以被统称为“正统哈里发”
第四任哈里发阿里，前文提到他是穆罕默德的堂弟和女婿，被推选为哈里发之后就遭到了叙利亚总督穆阿维亚家族等势力的反对，穆阿维亚既不是先知穆罕默德的亲属，也不是穆罕默德的圣门弟子，不仅如此穆阿维亚的父亲还是参与迫害过先知穆罕默德的人，当年正是他们这群麦加贵族的迫害才逼迫穆罕默德出走麦地那，所以很多信徒对穆阿维亚家族是非常敌视的。
穆阿维亚后来发动内战，间接地杀害了第四任哈里发“阿里”，并建立了倭马亚王朝。而这也是伊斯兰教的一个分界点，阿里的拥护者坚决不承认穆阿维亚哈里发继任者的身份，认为哈里发应该从先知女婿阿里的后代中选出，这部分人就被称之为“什叶派”，这一派只承认先知穆罕默德、阿里及其后人是伊斯兰世界合法的哈里发。
另一派被称为“逊尼派”，他们不仅承认先知穆罕默德和第四任哈里发阿里的正统性，同时也承认其他三大哈里发都是合法继任者，因此获得历代哈里发国家的扶植而广泛流传，也正因如此逊尼派的信众占据伊斯兰教信众总人口数的85%。
所以“什叶派”和“逊尼派”主要的争论焦点就在于正统性上，也就是以第四任哈里发“阿里”作为一个分界线，伊斯兰教逐渐分裂为“什叶派”和“逊尼派”两大分支。
为什么什叶派主要分布在伊朗。
从上面伊斯兰教的分布图上我们可以看到，什叶派主要分布在伊朗，这又是什么原因呢？其实也牵扯到复杂的民族关系，伊朗的祖上波斯曾经创造了辉煌的波斯文明，后来被阿拉伯帝国征服，阿拉伯人一直尝试让波斯人皈依伊斯兰教，为了避免被阿拉伯人文化入侵，基于现实需求（皈依伊斯兰教可以得到很多现实利益），波斯人于是选择信仰被阿拉伯帝国（逊尼派）疯狂打压的什叶派，于是什叶派在伊朗生根发芽。
两派还有什么区别。
两派除了正统之外的区别外，还存在证言内容、领袖身份理解、救世主信念、祈祷方式和法学统派上的区别。
祈祷是伊斯兰教最重要的礼拜之一，也是每个穆斯林每天必须履行的义务之一。逊尼派和什叶派在祈祷的方式上也有一些细微的差别。
1：逊尼派在祈祷时会把双手放在胸前，而什叶派则会把双手放在两边。
2：逊尼派在祈祷时会用一块小石头或者木头作为额头触地的垫子，而什叶派则会用一块泥土或者陶瓷作为垫子，以表示他们与穆罕默德和阿里的亲密关系。
3：逊尼派和什叶派在祈祷的次数上也有不同，逊尼派每天五次，而什叶派可以把中午和下午的两次合并为一次，以及把晚上和夜间的两次合并为一次，从而每天只需三次。
写在最后
总的来说，逊尼派和什叶派最大的区别在于“正统”的区分上面，以及因为“正统”之分而产生的细节差异。但归根结底，其实就是利益分歧，宗教只是一种工具罢了。