霉菌污染、氧化变黄、花生芽染病、叶黄色蓄积等。
霉菌污染：花生是一种富含油脂的种子类食物，营养成分很好，易滋生黄曲霉，黄曲霉会滋生黄色菌群，导致花生芽变黄、腐烂。这种发黄花生芽不能食用，因为黄曲霉素是剧毒物质，食用会导致中毒，严重甚至出现死亡；除此之外还有致畸作用。
氧化变黄：花生中富含油脂成分，如果培育不当，花生芽活性很低，不会正常生长，但是丰富的水分、适宜的温度、高活性的过氧化酶类会导致花生芽中的油脂成分氧化，有可能出现花生芽变黄的情况。这种情况下发黄的花生芽不建议食用，因为花生芽氧化变黄的过程中很容易出现腐败变质的情况。
花生芽染：病花生芽虽然还没有正式长成大株的花生，但是也会用于花生质量不佳而感染一些花生疾病。如根腐病，是由于真菌导致花生芽染病，出现发黄、腐烂的情况，这种发黄花生芽不建议食用，口感、营养价值都受到营养。
叶黄色蓄积：花生芽刚刚发芽的时候根茎是白色的，但是生长发育的过程中会慢慢开瓣，然后长出真叶，真叶中的叶绿体会合成叶绿素和叶黄素，使得花生芽瓣出现发黄的的情况。这种发黄属于自然现象，并且叶黄素有保护眼睛的作用，因此是可以食用的，但是花生芽发育到长真叶的时候含有的蛋白质、脂质、碳水化合物、维生素、矿物质等大量被消耗，营养价值会降低。