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在申领到增值税电子专用发票后，需要分发到税务ukey才能使用。通过开票软件中“发票管理/发票领购管理/发票网上分发”模块进行发票分发，同时可以查询到纳税人所有未分发和待分发的网络发票，显示税务ukey中的发票库存信息。
点击“发票管理/正数发票填开”，选择增值税电子专用发票，进入发票填开界面填写发票信息进行开具。其中购货单位名称、货物或应税劳务名称可双击选择设置好的信息，通过“系统设置/基础编码设置/客户编码（自定义货物与劳务编码）”，可设置常用的客户及货物劳务编码，提高开票效率。
如果发生销货退回、开票有误、应税服务终止等情形，需开具负数发票进行冲销。首先购买方或销售方可通过“发票管理/红字信息表/增值税专用发票红字信息表填开”填开、上传红字信息表，待系统提示“审核通过”后，在“发票管理/红字信息表/增值税专用发票红字信息表查询”中查询出待开具的负数增值税电子专用发票信息，在对应的红字发票信息表后点击“进入开具”，进行增值税电子专用红字发票开具。
增值税电子专用发票在开具后可根据系统提示，通过二维码、发送邮件的方式交付给受票方。受票方若丢失增值税电子专用发票，可通过纸质打印件上注明的信息，在全国增值税发票查验平台（https://inv-veri.chinatax.gov.cn）进行查验、下载。若纸质打印件也一并丢失，开票方可通过“发票管理/发票查询管理/已开发票查询”查询到已开具的增值税电子专用发票，通过发票下载、获取二维码、发送邮件等方式提供给受票方。
点击“发票管理/正数发票填开”，选择增值税电子专用发票，进入发票填开界面填写发票信息进行开具。其中购货单位名称、货物或应税劳务名称可双击选择设置好的信息，通过“系统设置/基础编码设置/客户编码（自定义货物与劳务编码）”，可设置常用的客户及货物劳务编码，提高开票效率。
如果发生销货退回、开票有误、应税服务终止等情形，需开具负数发票进行冲销。首先购买方或销售方可通过“发票管理/红字信息表/增值税专用发票红字信息表填开”填开、上传红字信息表，待系统提示“审核通过”后，在“发票管理/红字信息表/增值税专用发票红字信息表查询”中查询出待开具的负数增值税电子专用发票信息，在对应的红字发票信息表后点击“进入开具”，进行增值税电子专用红字发票开具。
增值税电子专用发票在开具后可根据系统提示，通过二维码、发送邮件的方式交付给受票方。受票方若丢失增值税电子专用发票，可通过纸质打印件上注明的信息，在全国增值税发票查验平台（https://inv-veri.chinatax.gov.cn）进行查验、下载。若纸质打印件也一并丢失，开票方可通过“发票管理/发票查询管理/已开发票查询”查询到已开具的增值税电子专用发票，通过发票下载、获取二维码、发送邮件等方式提供给受票方。